在中國的新冠肺炎治療疫情過程中，中醫、中藥的貢獻有一席之地。在多版的《新型冠狀病毒肺炎診療方案》中，都有將中藥納入治療方案。根據《新型冠狀病毒肺炎診療方案（試行第七版）》，中醫把新冠肺炎視為「疫」病的範疇，強調要「根據病情、當地氣候特點以及不同體質」，進行「辨證論證」，指出中醫還是要因人、因地制宜，作客製化治療，但還是提供了一些治療方案，在病情不同階段使用。在國新辦的新聞發布會上就指出，全國確診病例裏有七萬四千多人使用中醫藥治療，湖北則有六萬多名患者使用，並指出中醫藥引治療有效率達百分之九十以上。

在醫學觀察期，就「推薦」使用「藿根正氣膠囊」、「金花清感顆粒」、「連花清瘟膠囊」以及「疏風解毒膠囊」；在臨床治療期，則推薦使用「清肺排毒湯」，另根據輕型、重型、危重型、恢復期以及各種類型病症有不同的藥方進行治療。其中，最受當局關注的是「連花清瘟膠囊」、「清肺排毒湯」以及治療重症的「化濕敗毒方」。

以「清肺排毒湯」為例，國家中醫藥管理局專家組組長仝小林指，「清肺排毒湯」的總有效率達到百分之九十七點七八，無一例由輕症轉為重症或者危重症。「清肺排毒湯」成份包括複方「麻杏石甘湯、射干麻黃湯、五苓散」等藥再綜合而成。另外，中國工程院院士鍾南山在日前於著名期刊《藥理學研究》(Pharmacological Research)刊登有關「連花清瘟膠囊」的研究論文《連花清瘟對新型冠狀病毒具有抗病毒、抗炎作用》。

文章指出「連花清瘟膠囊」作為一種中藥方劑，對一系列流感病毒具有廣譜抗病毒作用和免疫調節作用，並指出連花清瘟處理導致細胞中病毒粒子的顆粒形態異常，指出「連花清瘟膠囊」可以影響病毒形態並在體外發揮抗炎活性，有效對抗炎症。因此，中國對歐洲疫情最嚴重的意大利援助了十萬盒「連花清瘟膠囊」，是中醫藥首次出征海外。