文化大革命期間的內蒙古人民革命黨（內人黨）肅清事件（一九六七年下半年至一九六九年）是研究內蒙古族群議題難以迴避的題目。按中共官方的數字│一九八零年《中華人民共和國最高人民檢察院特別檢察廳起訴書》就指出，當時約一百四十萬的蒙古族中有三十四萬六千人被迫害，幾近每戶蒙古家庭都有一人被揪出，一萬六千二百二十二人被迫害致死，被嚴刑迫供、致殘的則達到八萬人左右，當中絕大部分是蒙古族，被打為「烏蘭夫反黨叛國集團」。即便是中共官方的數字，尚且可以看出如此殘酷。

關於事件的死傷人數，各家各派的研究指出的數字頗有不同，迫害致死人數大體在二萬至十萬之間，官方認可的、由內蒙古人民大學學者出版的《內蒙古自治區史》則指死亡人數達二萬七千九百多人、十二萬人致殘。相關的研究還有前新華社記者楊繼繩的《天地翻覆——中國文化大革命史》，而最重要的專著就數旅居日本、思想傾向蒙獨的蒙古族學者楊海英（日本名：大野旭）的《沒有墓碑的草原│內蒙古的文革大屠殺實錄》，他還編著有《滕海清將軍有關內蒙古人民革命黨講話集》等等。

「內人黨冤案」對於蒙古族而言毋寧是非常嚴重的歷史傷口，同為一九八零年的起訴書就寫到：「林彪、江青反革命集團危害各少數民族人民的生命財產和自治權，給各族人民帶來極大的災難」。當局也意識到事件對民族和諧的破壞，只是把責任都推給了「林、四集團」。「內人黨」冤案本質上是文化大革命在內蒙古的擴大化，將整個由開國上將烏蘭夫領導的蒙古族精英階層幾乎都打倒了，中國共產黨培育、吸納的蒙古族上層人物一時間都變成階下囚，無疑對蒙古族人民有極大衝擊。

內人黨事件最早的起點就是「五一六通知」之後，華北局召開會議，烏蘭夫被批評，在七月二日他甚至還被劉少奇、鄧小平指責不搞階級鬥爭，犯了地方民族主義和修正主義的嚴重錯誤，隨後被打鬥、軟禁在內蒙古。「內人黨事件」最大的屠夫則是滕海清，在一九六七年五月被調任內蒙古代理司令員，展開「挖烏蘭夫黑線，肅烏蘭夫流毒」運動，隨後兩年，專案組翻出了內蒙古人民革命黨的歷史，展開子虛烏有的整肅「內人黨」，時還「製造」出諸多「新內人黨」的變種組織，如「統一黨」、「民族獨立黨」、「柳條子黨」、「井眼黨」、「沙窩子黨」、「黑虎廳」、「白虎廳」。直到一九七九年，文革結束後三年才正式平反事件，但罪魁禍首滕海清因為過去有戰功，不追究其責任。